Sistem HVAC memerlukan penggunaan filter untuk memastikan udara tetap bersih dan bebas dari partikel berbahaya.Ada beberapa jenis filter yang tersedia, antara lain filter mekanis, filter elektrostatis, dan filter HEPA.Filter mekanis menggunakan penghalang fisik untuk menangkap partikel, sedangkan filter elektrostatis menarik dan menahan partikel melalui muatan elektrostatis.Filter HEPA adalah yang paling efisien dan dapat menangkap partikel sekecil 0,3 mikron.

Tingkat kebersihan sistem HVAC mengacu pada jumlah udara bersih yang dialirkan ke suatu ruangan.Hal ini diukur dalam perubahan udara per jam (ACH), yang merupakan berapa kali udara di suatu ruangan diganti seluruhnya per jam.ACH yang direkomendasikan untuk ruang komersial adalah sekitar 4-6, sedangkan ACH untuk rumah sakit dan laboratorium bisa mencapai 12-15.

Saat merancang sistem HVAC, penting untuk mempertimbangkan faktor-faktor seperti ukuran ruangan, jenis hunian, dan tingkat polusi udara yang diperkirakan.Desain saluran udara yang tepat dan penempatan pengatur udara juga merupakan pertimbangan penting.Sistem harus dirancang untuk memberikan pemerataan udara ke seluruh ruangan dan mencegah akumulasi udara yang tergenang.